肾软斑症的肾外形体积增大，切面可见皮质和髓质内有大小不等的结节，有时几个结节融合为大结节，周围有清楚的界限，有的呈坏死或囊性变，偶而有钙化。镜下所见分三期：①炎症早期：在水肿的间质内有浆细胞和pas阳性的大嗜伊红组织细胞。 ②肉芽肿期：可见典型的michaelis-gutmann小体和组织细胞，偶见巨细胞和纤维母细胞。 ③愈合期：可见组织细胞周围有纤维母细胞，成胶质和极少量的michaelis-gutmann小体。

膀胱软斑症病变分布在两侧壁，膀胱镜可见分散或群集的浅黄色或黄灰色至褐色柔软天鹅绒样或轻度隆起的斑块，大小0.1～3.0cm，斑块一般被未受损害的粘膜覆盖，有时有浅表溃疡，局部可见凹陷，邻近组织有炎症或出血。镜下可见粘膜固有层大量组织细胞和多少不等的淋巴细胞、浆细胞、分叶核粒细胞浸润，在一些组织细胞浆内可见michaelis-gutmann小体，小体呈圆形或卵圆形，苏木精浓染，pas反应阳性，铁钙反应阳性。病变中毛细血管扩张、瘀血或伴有出血，表面覆以完整的移行上皮细胞，部分区域有程度不等的坏死。周围有轻度纤维组织增生，肌层小血管四周有少量圆形细胞浸润。