小儿尿路感染治疗的主要问题是抗生素的选用和使用方法。抗生素的选择要以副作用小，尿液中药物浓度高，细菌耐药发生率低为原则。由于小儿尿路感染的病原菌大多数(80%以上) 为大肠杆菌或其他革兰氏阴性杆菌，而革兰氏阳性菌仅占10%以下，因此，在未查出何种细菌以前，最好选用庆大霉素(2～4mg/kg·d)和氨苄青霉素(100mg/kg·d)联合应用，且以肠道外途径(肌肉或静脉注射)给药为宜。也可选用丁胺卡那霉素(8～15mg/kg·d)、头孢唑啉( 40mg/kg·d)。另外，还有人报道：使用哌拉西林(80～100mg/kg·d)治疗因急性尿路感染所致的败血症，有效率达90%，且对肾脏无毒性。有尿细菌培养及药敏结果时，如治疗无效，可按药敏试验结果选择有效抗生素；如已有效，则不必调整治疗方案。

关于疗程，大多数人认为7～10天为宜，不管感染是否累及肾脏，均可获得满意疗效。但近年有一些学者支持1～5天的短程治疗，若为下尿路感染可给予单次大剂量治疗，其效果与7 ～10天疗程相同，且副作用小，费用低，用药方便。如膀胱炎患者，用单剂治疗可使尿中抗生素迅速达到高浓度，且尿中短时间有高浓度的抗生素比长期低浓度更为有效。而对上尿路感染(如肾盂肾炎)则仍认为应常规使用抗生素10～14天或更长。

小儿尿路感染，当使用抗生素并经改变药物品种或剂量治疗无效时，或经治疗3周其肾功能仍未恢复正常者，应高度怀疑有尿路梗阻的存在，需要进一步放射学检查以明确诊断。

另外，本病在护理方面亦很重要。应注意增加液体的摄入量和经常排空小便，这有助于提高疗效，但不必强迫患儿多饮液体。洗澡时应避免盆浴，在患儿病重或脱水时，应先补液，待取得尿培养标本后再应用抗生素。